Die .htaccess im Wurzelverzeichnis muss folgendermaßen aussehen (die RewriteBase, um eventuelle Unterordner ergänzen!):
# Enable URL rewriting
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^typo3$ – [L]
RewriteRule ^typo3/.*$ – [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-l
RewriteRule .* index.php
RewriteRule ^(.*)\.htm$ /index.php